Na busca de estratégias para a conservação dos recursos biológicos globais, vem sendo reconhecido, com intensidade crescente, que os métodos científicos convencionais e os arranjos institucionais nem sempre são eficientes para se lidar com a complexidade embutida nas dimensões biofísicas e sociopolíticas desta problemática. No enfrentamento desses desafios, torna-se necessária uma abordagem integrada, capaz de combinar métodos científicos com valores societários. As pesquisas participativas promovem mudanças sociais ao capacitarem as comunidades a encontrar opções adequadas - do ponto de vista coletivo e cultural - para a concretização do desenvolvimento sustentável nos seus próprios termos. A gestão ecossistêmica reconhece a interconectividade dos sistemas sociais e ecológicos e tenta articular a pesquisa científica, a formulação de políticas públicas e o estabelecimento de objetivos societários por meio de pesquisas interdisciplinares e processos de tomada de decisões envolvendo múltiplos atores sociais. Em 1998, o Canadian Museum of Nature (CMN), sediado em Ottawa, em parceria com agências governamentais, instituições educacionais e grupos comunitários iniciaram um estudo multidisciplinar de três anos sobre a saúde do ecossistema do Rio Rideau, na região oriental de Ontário. Este artigo apresenta o Projeto de Conservação da Biodiversidade do Rio Rideau - PBRR (Rideau River Biodiversity Project - RRBP) como um estudo de caso baseado na aplicação de uma abordagem integrada para avaliar a biodiversidade de um ecossistema de água doce. Na parte final, apresentamos uma estrutura conceitual para a construção de uma abordagem integrada da conservação e do uso sustentável da biodiversidade, capaz de combinar os pontos fortes da pesquisa participativa no nível comunitário e da gestão ecossistêmica, mediante um processo de aprendizagem social e investigação transdisciplinar.