Les défis méthodologiques et technologiques posés par la protéomique à haut-débit tiennent à la fois au très grand nombre de protéines à analyser, à l’hétérogénéité de leurs propriétés physicochimiques, et au fait que de très nombreuses protéines sont faiblement exprimées. Dans ce contexte, la spectrométrie de masse associée à la bioinformatique joue un rôle prépondérant dans l’identification des protéines, l’analyse de leurs niveaux d’expression, et la recherche de leurs fonctions.