Introdução: A população de Salvador/Bahia está entre as primeiras formadas no Brasil colonial e recebeu influência de diferentes povos. Este estudo analisou a frequência alélica de variantes nos genes Interferon Gamma Inducible Protein 16 (IFI16) e Absent in Melanoma 2 (AIM2) de uma população de Salvador/Bahia/Brasil com populações de referência, verificou seus potenciais regulatórios, e descreveu doenças associadas em diferentes populações. Método: Estudo transversal, estruturado de uma coorte sobre asma e periodontite (n=1094). Informações foram extraídas do chip Illumina Multi-Ethinic AMR/AFR-8. A comparação da frequência do alelo polimórfico das variantes genéticas de IFI16 e AIM2 foi realizada entre indivíduos de Salvador e de populações africanas e europeias. Resultados: As frequências dos alelos de variantes genéticas em IFI16 na população estudada foram mais semelhantes às dos europeus. Das 50 variantes de IFI16, 08 tiveram a frequência do alelo polimórfico superior a 40% e 07 entre 20% e 39% e das 26 em AIM2, 01 possui frequência superior a 40% e 04 entre 20 e 39%. O potencial regulatório mais significativo verificado em IFI16, ocorreu em 5 variantes com classificação 3a. Em AIM2, 2 apresentaram classificação 2b e 3a. Conclusão: A análise de comparação da frequência dos alelos de variantes genéticas em IFI16 sugere maior influência genética de povos ancestrais europeus que africanos. Em AIM2 os resultados não concordaram. Sugere-se análises de associação dos alelos polimórficos com as patologias descritas na literatura e validação dos resultados encontrados nesse estudo em outras populações da mesma região estudada.