Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

O'Toole, Á.; Zakotnik, S.; Zorec, Tomaž Mark; de Marco, G.; Yadahalli, S.; Zaheri, M.; van der Werf, S.; Wienecke-Baldacchino, A. K.; Zajac, M.; Zuckerman, N. S.; Wienemann, T.; Yetiskin, H.; von Kleist, M.; Wolff, T.; Zaballos, Á.; de la Plaza, I. C.; da Silva Filipe, A.; Yeats, C.; Wyles, M.; Yakovleva, A.; Williams, R.; Williams, T. C.; Wittner, A.; Young, G. R.; Yew, W. C.; de Oliveira Martins, L.; Yasir, M.; Wright,; Williams, R. J.; Williams, C. A.; de Cesare, M.; Workman, T.; Yazici, M. K.; Zana, B.; Zeghbib, S.; Topolsky, I.; Posada-Céspedes, S.; Stene-Johansen, K.; Poljak, M.; Vennema, H.; Reusken, C.; Ruiz-Roldán, L.; Torres-Puente, M.; Ruíz-Hueso, P.; Tryfonos, C.; Ruiz-Rodriguez, Paula; Richter, J.; Polackova, K.; Stefani, F.; Vecerova, J.; Rimoldi, S. G.; Salerno, F.; Schär, T.; Romeri, F.; Vugrek, O.; Polesello, S.; Trgovec-Greif, L.; Sučić, N.; Schønning, K.; Rokić, F.; Sørensen, E. A.; Rukavina, T.; Sørensen, T.; Skov, M. N.; Petersen, C.; Rasmussen, M.; Tregubchak, T.; Shvalov, A. N.; Pyankov, O.; Schmutz, S.; Resende, P. C.; Trkola, A.; Perrin, A.; Russell, C. A.; Walter, M. C.; Ustinova, M.; Savicka, O.; Rovite,; Ragimbeau, C.; Sláviková, M.; Staroňová, E.; Tichá, E.; Szemes, T.; Stadler, T.; Rusňáková, D.; Quer, J.; Pumarola, T.; Piñana, M.; Vapalahti, O.; Smura, T.; Sironen, T.; Selhorst, P.; Simon-Loriere, E.; Vieira, L.; Rabalski, L.; Turdikulova, S.; Tagliabracci, A.; Turchi, C.; Pyrc, K.; Smyth, M.; Schuster, M.; Senekowitsch, M.; Popa, Alexandra Mariela; Shevtsov, A.; Ramanculov, Y.; Vidanovic, D.; Tesovic, B.; Volkening, J.; Walker, A.; Vasconcelos, M. K.; Strelow, D.; Rupnik, M.; Senff, T.; Timm, J.; Uygut,; Pfeffer, K.; Shchetinin, A.; Wawina-Bokalanga, T.; Vanmechelen, B.; Thürmer, A.; Wedde, M.; Sergeeva, M.; Stefanelli, P.; Ra, Neher; Turtle, L.; Spellman, K.; Southgate, J. A.; Underwood, A.; Taylor, B.; Whitehead, M.; Rainbow, L.; Tucker, R.; Walsh, S.; Sloan, T.; Quick, J.; Shepherd, J. G.; Thomson, E.; Shah, R.; Smollett, K.; Robertson, D. L.; Tong, L.; Who, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group*; Phillips, N.; Sethi, D. K.; Stanley, R.; Price,; Potter, W.; Smith, D.; Prakash, R.; Todd, J. A.; Trebes, A.; Watkins, J.; Rey, S.; Platt, S.; Perry, M.; Trotter, A. J.; Rudder, S. J.; Thomson, N. M.; Viet, T. L.; Tedim, Ana P.; Sang, F.; Tsoleridis, T.; Smith, W.; Rooke, S.; Tutill, H. J.; Roy, S.; Stockton, J.; Poplawski, R.; Rowe, W. P. M.; Pinckert, M. L.; Rambaut, A.; Vamos, E. E.; Pybus, O.; Scarlett, Garry; Robson, Samuel Charles; Popovici, O.; Pogka,; Voulgari-Kokota, A.; Virtanen, J.; Suvanto, M.; Sreenu, V. B.; Terhes, G.; Urbán, P.; Tóth, G. E.; Somogyi, B.; Taylor, S.; Meijer, A.; Martínez-Priego, L.; López, M. G.; Nagy, A.; Novakova, L.; Murtskhvaladze, M.; Pedersen,; Michaelsen, T. Y.; Maksyutov, R. A.; Papa, A.; Mossong, J.; Pappa, S.; Lindsjö, O. K.; Ličková, M.; Metallidis, S.; Pechirra, P.; Novotný, A.; Onofri,; Macek, M.; Penz, T.; Melchionda, F.; Menzo, S.; Muenchhoff, M.; Ozdarendeli, A.; Pavel, S. T. I.; Pancer, K.; Marcello, A.; Moore, C.; Mancini, N.; Mahnic, A.; Maurer Stroh, Sebastian; Paterson, S.; Michel, J.; Nitsche, A.; Neher, Richard A.; Moore, N.; Maes, P.; McCluggage, K.; Martí-Carreras, Joan; Melidou, Angeliki; Parr, Y. A.; Nelson, C. A.; Payne, B.; Maksimovic, J.; Marchbank, A.; Meredith, L. W.; Lucaci, A.; McCrone, J. T.; Pacchiarini, N.; Nomikou, K.; Page, A. J.; Niebel, M.; Lynch, J.; Miah, S.; Ludden, C.; Patrick Mcclure, C.; Mookerjee, S.; Nelson, A.; Mair, D.; Parker, M.; Partridge, D. G.; Mohamed, H.; Mbisa, J. L.; Panchbhaya, Y.; Pandey, S.; Morgan, M.; Mather, A. E.; Machin, N. W.; O'Grady, J.; Pereyaslov, Dmitriy; Parsons, P. J.; Peacock, S. J.; Meader, E. J.; Mestek-Boukhibar, L.; Loose, M.; Lister, M. M.; Nicholls, S.; Liggett, S.; Nichols, J.; Lopez, C. E. B.; Loman, N. J.; Papp, H.; Pereszlényi, C. I.; McHugh,; Menger, K. E.; Mihaela, L.; Mentis, A. F.; Macintyre-Cockett, G.; O'Toole, Aine; Loveson, Katie F.; Lindsey, B.; Manso, C. F.; Nguyen, P. T.; Martinez-Gonzalez, B.; Nagy, Á.; Nowotny, N.; Madai, M.; Loney, T.; Beerenwinkel, N.; Jablonski, K. P.; Ferreira, P. F.; Avšič-Županc, T.; Alm, Erik; Korva, M.; Bragstad, K.; Hungnes, O.; Bracho,; García-González, N.; Chiner-Oms, Á.; Cancino-Muñoz, I.; Comas, I.; Broberg, Eeva K.; Goig, G. A.; D'Auria, G.; Ferrús-Abad, L.; Galan-Vendrell, I.; Carbó-Ramirez, S.; Coscollá, M.; Kramna, L.; Cinek, O.; Krashias, G.; Bashiardes, S.; Koptides, D.; Christodoulou, C.; Bartolini, B.; Gruber, C. E.; Di Caro, A.; Castilletti, C.; Jirincova, H.; Cordey, S.; Kotaria, N.; Beisel, C.; Jurak, I.; Karst, S. M.; Kirkegaard, R. H.; Knutson, S.; Brandt, J.; Le-Quy,; Larsen, S. L.; Fonager, J.; Connor, Thomas; Hodcroft, Emma B.; Fomsgaard, A.; Gavrilova, E.; Bodnev, S. A.; Antonets, D.; Goya, S.; Lee, R. T.; Han, A. X.; Kufner,; Huber, M.; Antwerpen, M.; Gambaro, F.; Behillil, S.; Enouf,; Donati, F.; Klovins, J.; Fournier, G.; Aberle, S. W.; Haukland, M.; Enkirch, T.; Advani, A.; Karlberg, M. L.; Broddesson, S.; Komissarov, Andrey B.; Klempa, B.; Anton, A.; Andres, C.; Garcia-Cehic, D.; Izopet, J.; Gioula, G.; Exindari, M.; Chatzidimitriou, D.; Geryk, J.; Brož, P.; Briksí, A.; Hubáček, P.; Dřevínek, P.; Kvapil, P.; Holub, M.; Kvapilová, K.; Kašný, M.; Klempt, P.; Anthony, C.; Ariën, K.; Bienkowska-Szewczyk, K.; Borges,; Isidro, J.; Gomes, J. P.; Guiomar, R.; Costa, I.; Ek, Broberg; Duarte, S.; Abdullaev, A.; Dalimova, D.; Abdurakhimov, A.; Alessandrini, F.; Bagnarelli, P.; Caucci, S.; Di Sante, L.; Genger, J.-W.; Agerer, B.; Lercher, A.; Endler, L.; Laine, J.; Bock, C.; Bergthaler, A.; Kalendar, R.; Graf, A.; Keppler, O. T.; Krebs, S.; Blum, H.; D'Agaro, P.; Laubscher, F.; Clementi, N.; Houwaart, T.; Jensen, B.-E. O.; Hülse, L.; Adams, O.; Andree, M.; Hauka, S.; Feldt, T.; Keitel,; Kindgen-Milles, D.; Dilthey, A. T.; Aydin, G.; Holyavkin, C.; Cevik, C.; Gushchin,; Dinler-Doganay, G.; Doganay, L.; Kizilboga-Akgun, T.; Karacan, I.; Dürrwald, R.; Drechsel, O.; Fuchs, S.; Kmiecinski, R.; Casas, I.; Caballero, M. I.; Group, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV; Eb, Hodcroft; Jiménez, P.; Jiménez, M.; Fernández, S. M.; Fernández, S.; Fadeev, A.; Ivanova, A.; Estee Torok, M.; Hall, G.; Afifi, S.; Beer, R.; Ledesma, J.; Hamilton, W. L.; Abudahab, K.; Gemmell, M. R.; Eccles, R.; Gregory, R.; Haldenby, S.; Hughes,; Curran,; Baker, D.; Green, L. R.; Ab, Komissarov; Feltwell, T.; Halstead, F. D.; Jahun, A. S.; Ahmad, S. S. Y.; Georgana, I.; Goodfellow, I.; Gavriil, A.; Awan, A. R.; Fisher, C.; Edgeworth, J.; Kidd, S. P.; Cortes, N.; Brunker, K.; Duckworth, N.; George, R. P.; Eltringham, G.; Brown,; Aranday-Cortes, E.; Hughes, J.; Li, K. K.; Johnson, N.; Jesudason, N.; Carmichael, S.; Broos, A.; Dewar, R.; Holmes, A.; Bolt, F.; Dervisevic, S.; Graham, J. C.; Andersson, M.; Bull, M.; Birchley, A.; Gatica-Wilcox, B.; Gilbert, L.; Kumžiene-Summerhayes, S.; Chauhan, A.; Butcher, E.; Bicknell, K.; Elliott, S.; Glaysher, S.; Lackenby, A.; Bibby, D.; Licastro, Danilo; Evans, J.; Corden, S.; Adams, A. G.; Gaskin, A.; Coombs, J.; Graham, L. J.; Cottrell, S.; Gifford, L.; Kolyva, A.; Aydin, A.; Kay, G. L.; Alikhan, N.-F.; Gilroy, R.; Kingsley, R. A.; Gutierrez, A.; Diaz, M.; Adriaenssens, E. M.; Clark, G.; Howson-Wells, H. C.; Debebe, J.; Ball, J.; Chappell, J.; Khakh, M.; Carlile, M.; Holmes, N.; Fleming, V. M.; Gallagher,; Evans, C.; Baker, P.; Essex, S.; Keeley, A. J.; Bashton, M.; Dervisavic, S.; Angyal, A.; Kristiansen, M.; Findlay, J.; Forrest, L.; Dyal, P.; Khokhar, F.; Hosmillo, M.; Chaudhry, Y.; Caller, L. G.; Davidson, R. K.; Griffith, L.; Jackson, B.; Colquhoun, R.; Hill,; Asamaphan, P.; Darby, A.; Jackson, K. A.; Iturriza-Gomara, M.; Green, A.; Aanensen, D.; Bonsall, D.; Buck, D.; Golubchik, T.; Beckett, Angela; Groves, D. C.; Barnes,; Grammatopoulos, D.; Gisaid, EpiCoV; Harrison, E.; Gunson, R.; Gonzalez, G.; Carr, M.; Brytting, M.; Bresner, C.; Fuller, W.; Kossyvakis, A.; Karamitros, T.; Kalliaropoulos, A.; Horefti, E.; Kontou, A.; Labropoulou,; Evangelidou, M.; Bizta, P.; Belimezi, M.; Lambrechts, L.; Doymaz, M. Z.; Cetin, N. S.; Karaaslan, E.; Kallio-Kokko, H.; Group*, Who European Region sequencing laboratories; Ellonen, P.; Hannula, S.; Kangas, H.; Burián, K.; Gombos, K.; Gyenesei, A.; Herczeg, R.; Jakab, F.; Kemenesi, G.; Kuczmog, A.; Földes, F.; Lanszki, Z.; Babinszky, G. C.; Dudás, G.; Csoma, E.; Abou Tayoun, A. N.; Alsheikh-Ali, A. A.; Abdul-Wahab, O.; Gonzalez-Candelas, F.; And, Dmitriy Pereyaslov; Andersen, M. H.

Published in

European Centre for Disease Prevention and Control, Eurosurveillance, 32(25), 2020

DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410

Tools

Export citation

Search in Google Scholar

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Journal article published in 2020 by Á. O'Toole, S. Zakotnik, Tomaž Mark Zorec

, G. de Marco, S. Yadahalli, M. Zaheri, S. van der Werf, A. K. Wienecke-Baldacchino, M. Zajac, N. S. Zuckerman, T. Wienemann, H. Yetiskin, M. von Kleist, T. Wolff, Á. Zaballos and other authors.

This paper is made freely available by the publisher.

Full text: Download

Preprint: archiving allowed

Upload

Postprint: archiving allowed

Upload

Published version: archiving allowed

Upload

Policy details

Data provided by

Abstract

We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.

Published in

Links

Tools

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Abstract