In this thesis I present three computational approaches that improve the analysis of mass spectrometry-based proteomics data. The novel search engine Andromeda allows efficient identification of peptides and proteins. Implementation of a rule-based expert system provides more detailed information contained in the mass spectra. Furthermore I adapted our computational proteomics pipeline to high performance computers. ; In dieser Arbeit stelle ich drei neue bioinformatische Ansätze vor, die die Analyse massenspektrometrischer Proteomdaten verbessern. Die neu entwickelte Suchmaschine Andromeda identfiziert Peptide und Proteine effizienter als bisher. Ein regelbasiertes Expertensystem vervollständigt die Massenspektren automatisch mit detaillierten Informationen. Außerdem habe ich unsere Auswertungssoftware so angepasst, dass alle Funktionen auf Hochleistungsrechnern ausgeführt werden können.